Struktur organisasi Pemerintah Desa Pandowan dapat digambarkan pada bagan berikut:

Daftar perangkat Desa Desa Pandowan Tahun 2019 sebagai berikut:

 Wilayah Desa Pandowan dibagi menjadi 4 pedukuhan yaitu Pedukuhan I Pandowan, Pedukuhan II Pandowan, Pedukuhan III Diren, dan Pedukuhan IV Prembulan. Terbagi menjadi 8 RW (Rukun Warga) dan 18 RT (Rukun Tetangga).

1. Pedukuhan I Pandowan

Dukuh : Puji Tri Bahagia

• Ketua RW 001: Heri Darmawan
• Ketua RT 001: Purwantoro
• Ketua RT 002 : R. Asnawi Muttaqin
• Ketua RW 002 : Darmono, S.Pd.I
• Ketua RT 003 : Sudarmadi
• Ketua RT 004 : Udik Wasitono

2. Pedukuhan II Pandowan

Dukuh : Sarjiyo

• Ketua RW 03 : Hanis Nur Wahyudi, A.Md.
• Ketua RT 005 : Maryono
• Ketua RT 006 : Dwi Maryanto, S.Pd.I
• Ketua RW 04 : Drs. H. Suratman
• Ketua RT 007 : Saronto
• Ketua RT 008 : Sunardi Riyanto

3. Pedukuhan III Diren

Dukuh : Sri Budi Winarti

• Ketua RW 05 : Sudarmanto
• Ketua RT 009 : Sujiyanto
• Ketua RT 010 : Naryadi, S.Pd.
• Ketua RT 011 : Sugeng Sudiharjo
• Ketua RW 06 : Jabir
• Ketua RT 012 : Fajar Hariyanto
• Ketua RT 013 : Wahid Santoso

4. Pedukuhan IV Prembulan

Dukuh : Setiti Kawantiningsih

• Ketua RW 07 : Tukiran
• Ketua RT 014 : Rubiman
• Ketua RT 015 : Welasiman
• Ketua RT 016 : Nur Wiyono
• Ketua RW 08 : Maryono
• Ketua RT 017 : Triyono
• Ketua RT 018 : Rohmat

Selain Pemerintah Desa, di desa terdapat Badan Permusyawaratan Desa (BPD) yang anggotanya dipilih oleh warga desa dengan cara musyawarah dan mufakat. Anggota BPD dipilih dari unsur tokoh agama, tokoh masyarakat, ketua RT, ketua RW, maupun pemangku adat. Sebagaimana Kepala Desa, BPD memiliki masa jabatan selama enam tahun, setelah itu dapat dipilih sekali kembali selama tiga kali periode secara berturut – turut maupun tidak. Keanggotaan BPD ditetapkan berdasarkan keputusan bupati.

Tugas BPD adalah mengawasi jalannya pemerintahan yang dilaksanakan oleh pemerintah desa. BPD mewakili warga desa untuk mengawasi pemerintah desa dalam menjalankan tugasnya. Selain mengawasi, BPD juga mengusulkan segala kebutuhan dan keinginan warga desa kepada Kepala Desa.

Data anggota BPD Desa Pandoawan periode 2013 - 2018 sebagai berikut:

Selain pemerintah desa dan BPD, ada satu lagi lembaga yang juga berperan penting dalam penyelenggaraan pemerintahan desa. Lembaga tersebut adalah lembaga kemasyarakatan. Lembaga non-pemerintah ini dibentuk oleh masyarakat sesuai dengan kondisi dan kebutuhan. Lembaga kemasyarakatan berfungsi sebagai pendukung pemerintah desa. Tugasnya adalah membantu pemerintah desa dalam menyelenggarakan pemerintahan desa.

Berikut lembaga kemasyarakatan yang ada di Desa Pandowan.

1. Karang Taruna “Puspita Praja”

Karang Taruna merupakan wadah bagi generasi muda untuk mengekspresikan jiwa mudanya. Selain di tingkat desa, di masing-masing peduduk juga terdapat karang taruna tingkat pedukuhan dengan kegiatan tergantung dari program kerja karang taruna tingkat pedukuhan.

2. LPMD ( Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa )

Lembaga ini berkedudukan di tingkat desa yang berperan dalam rangka ikut memperlancar program-program pembangunan ditingkat desa. Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa (LPMD) mempunyai tugas menyusun rencana pembangunan secara partisipatif, menggerakkan swadaya gotong royong masyarakat, melaksanakan dan mengendalikan pembangunan.

3. GAPOKTAN (Gabungan Kelompok Tani)

Merupakan wadah bagi kelompok tani ditingkat desa, kegiatan yang menjadi rutinitas adalah pertemuan kelompok tani tingkat desa membahas permasalahan yang berkaitan dengan pertanian. Gapoktan Desa Pandowan bernama Gapoktan Manunggal, membawahi beberapa kelompok tani tingkat pedukuhan yaitu Kelompok Tani Ngudi Rahayu Pedukuhan I, Kelompok Tani Harapan di Pedukuhan II, Kelompok Tani Tunas Mekar di Pedukuhan III Diren, dan kelompok Tani Ngudi Rukun di Pedukuhan IV Prembulan.

4. P3A (Pemberdayaan Petani Pemakai Air)

Petani Pemakai Air adalah semua petani yang mendapat nikmat dan manfaat baik langsung maupun tidak langsung dari dari pengelolaan air dan jaringan irigasi yang meliputi pemilik sawah, penggarap sawah, pemilik kolam ikan yang mendapat air dari jaringan irigasi dan pemakai air irigasi lainnya. Di Desa Pandowan terdapat dua kelompom P3A yaitu P3A Sarwo Rukun dan P3A Ngudi Rukun.

5. POSYANDU (Pos Pelayanan Terpadu)

Posyandu terdiri dari dua Posyandu yaitu Posyandu Balita dan Posyandu Lansia. Kegiatannya meliputi penimbangan rutin bagi balita dan lansia, pemberian makanan tambahan bagi balita dan lansia, dan penyuluhan kesehatan bagi balita dan lansia.

6. POSBINDU (Pos Pelayanan Terpadu)

Kegiatan Posbindu berupa pemberian layanan kesehatan bagi masyarakat umum yang diadakan sebulan sekali.

 7. Tim Penggerak PKK

Tim Penggerak PKK Desa mempunyai tugas membantu Pemerintah Desa dan merupakan mitra dalam pemberdayaan dan peningkatan kesejahteraan keluarga.

 8. RT dan RW

Rt dan Rw mempunyai tugas membantu Pemerintah Desa dalam penyelenggaraan urusan pemerintahan dan pelayanan kepada masyarakat.

 9. Linmas

Linmas merupakan singkatan dari Perlindungan masyarakat merupakan perwakilan masyarakat yang bertugas menjaga ketentraman dan ketertiban masyarakat dan pengamanan kegiatan ceremoniasl di Desa Pandowan.

 10. Kelompok Difabel Desa “PADI”

Kelompok Difabel “PADI” merupakan lembaga baru yang didirikan pada tahun 2018 dan dikukuhkan dengan SK Kades pada Bulan Januari 2019 dengan anggota adalah kelompok difabel atau orang-orang yang mengalami disabilitas di wilayah Desa Pandowan. Kegiatannya berupa pertemuan rutin tiap bulan dengan menghadirkan beberapa narasumber yang akan menambah keimanan, pengetahuan, keterampilan, dan kecakapan anggota.